ใครว่า Opensource ไม่เหมาะกับนักวิทยาศาตร์


ไม่ใช่แค่พวกนักฟิสิกส์หรือวิทยาศาสตร์คอมพิวเตอร์เท่านั้นที่ควรจะหันมาสนใจ opensource เพราะแม้แต่นักชีววิทยาก็ได้ผลประโยชน์จาก opensource ด้วย

คนที่เคยสร้างภาพจำลองสามมิติของโมเลกุลโปรตีนคงจะพอรู้ว่าต้องใช้เวลามากมายขนาดไหน (ต่อให้ทำบนเครื่องสเปกเทพก็เหอะ) อันนี้แค่หมายถึงภาพนิ่งนะ ไม่ต้องพูดการจำลองภาพเคลื่อนไหว ซึ่งจำเป็นในการวิจัยโรคหรืออาการบางอย่าง เช่น อัลไซเมอร์ หรือ พาร์กินสัน การจำลองการเคลื่อนไหวของโมเลกุลหรือ Molecular motion simulation นั้นแทบที่จะเป็นไปไม่ได้เลยที่จะไม่ใช้เครื่องระดับ cluster computer

แต่ด้วยพลังของ opensource ที่มีชื่อว่า OpenMM โปรแกรมซึ่งพัฒนาโดย Pande’s Lab และ Stanford University การจำลองการเคลื่อนไหวของโมเลกุลที่ว่าสามารถทำได้บนเครื่องเดสก์ทอปธรรมดา (แต่สเปกต้องดีหน่อยนะ)

จุดเด่นสำคัญของ OpenMM คือความสามารถการดึงเอาพลังในการประมวลผลของ GPU มาใช้ ซึ่ง GPU หรือการ์ดจอที่ต้องการก็ไม่ใช่แบบโอเวอร์แต่อย่างใด การ์ดจอทั่วไปตามท้องตลาดก็นำมาใช้ได้ ไม่ว่าจะเป็นของ NVIDIA หรือ AMD/ATI ก็ใช้ได้

จากคำอธิบายของหนึ่งในหัวหน้าโครงการ Prof. Vijay Pande

Simulations that used to take three years can now be completed in a few days.

With this first release of OpenMM, we focused on small molecular systems simulated and saw speedups of 100 times faster than before.

เร็วกว่าเดิม 100 เท่า Oh! my GOD. แค่ first release ด้วยนะ

ที่มา

http://www.sciencedaily.com/releases/2009/02/090205093554.htm

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s

%d bloggers like this: